无菌实验室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应该设在内室进门处的顶棚上(即距离工作台最远的位置)，最好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式的窗扇。通气窗可以在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件的可以安装恒温恒湿机。

无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是緩神室。房间的容积不宜过大以便于空气灭菌。最小内间面积2X2.5＝5m2，外间面积1×2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。内间应当设拉门，以便减少空气的波动，门应该设在离工作台最远的位置上;外间的门最好也采用拉门，要设在距离內间最远的位置上。

无菌实验室主要用于产品的无菌检测，在检测全过程均应实施无菌操作，严防因污染而出现假阳性的检测结果。所以，其布局、设计和建造应该有利于避免交叉污染、便于清洁以及日常的维护，以保证高洁净度无菌实验的环境。

无菌试验室、生物安全实验室由主实功能验室与其他实验室及辅助功能用房组成。
无菌试验室、生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。